穆勒退出国家队夺冠后，他在欧洲杯决赛中获得最佳射手称号

加盟拜仁之后，穆勒就此开启了令凡人难以企及的职业生涯。从1964-1965赛季开始，一直到1978-1979赛季离队，在效力拜仁的15个赛季中，他每年都是球队的首席射手，在总共427场德国联赛中，穆勒打进了365个进球，并且7次荣膺德甲最佳射手头衔。

在穆勒以及贝肯鲍尔等多位球星的努力下，拜仁也从一支默默无闻的德国次级联赛球队一跃成为了德国足坛乃至欧洲足坛的超级豪门。1968-1969赛季开始，拜仁主帅换成了南斯拉夫人泽比奇。穆勒在其调教下日臻完善，攻击力得以不断释放。穆勒风极一时，在德国足坛曾有这样的“玩笑”，“我愿意用2个贝肯鲍尔来换1个穆勒！”南部之星在1969年获得德甲冠军，1972到1974年，拜仁获得联赛三连冠。而在1974到1976年，球队连续三年拿到欧洲冠军杯冠军，成为当时欧洲足坛的第一强队。这一切，穆勒功不可没。而穆勒本人在欧冠联赛中4次荣获最佳射手称号。