马圈湾烽燧位于小方盘城西11.5公里，马圈湾与盐池湾之间的戈壁走廊上。北距塞墙3米。烽燧平面长方形，底部长8.35米，宽7.6米，残高1.87米，为三层土墼夹一层芦苇叠砌。东南角砌有登顶台阶。堡早期筑于烽隧东侧，堡门西开，堡内有过道和套房三间，房内均有灶。火焚毁后废弃，改筑于烽燧南侧，门向南开。堡南22.3米有东西向的长方形牲畜圈。出土汉代简牍1221枚，记载有关出入玉门关、玉门关侯及其管辖范围和屯兵、屯田活动等。其他遗物300余件，有粮食、麻纸、毛笔、石砚、丝织残片、毛织残片、丝绵、麻布、麻鞋、竹编织器、漆器、木器、骨器、铁器、铜器、五铢钱等。据分析，此遗址为西汉玉门侯官治所。

关于汉代玉门关址的确切位置，长期以来是史学界争论的一个问题。

多数人认为玉门关设于小方盘城。有的学者对此提出疑问，认为应在小方盘城之西或西北。近年，据马圈湾新获汉简，有人提出西汉玉门关址似在马圈湾西南0.6公里的羊圈湾，王莽末年废弃。东汉初，玉门关东迁至小方盘城西侧的塞墙上。此问题的最终解决，还有待于今后的调查与发掘。

1963年甘肃省公布此烽燧遗址为省级保护单位，树立了保护标志。1981年重新树立石刻保护标志，并设专人负责保护工作。