澳大利亚墨尔本1月29日，2006澳大利亚网球公开赛在墨尔本公园的罗德-拉沃尔球场结束压轴大戏--男单决赛争夺，瑞士球王费德勒凭借在第二盘关键时刻超乎常人的稳健发挥，挽救了第一盘落败的劣势，成功的把后两盘带入自己的节奏中，最终以总比分5-7/7-5/6-0/6-2击败一路连败三位世界TOP10“大师”的20岁塞浦路斯超新星巴格达蒂斯，职业生涯第二次夺得澳网男单冠军。

　　美国印第安维尔斯3月19日，ATP本赛季首站大师系列赛--印第安维尔斯大师赛当地时间本周日结束了决赛的争夺。瑞士球王费德勒7-5/6-3/6-0战胜美国选手布雷克夺冠，在成功卫冕的同时也历史性的实现了印第安维尔斯大师赛的3连冠。

　　美国迈阿密4月3 日，总奖金额为345万美金的ATP迈阿密大师赛结束男单决赛争夺，瑞士球王费德勒继续自己在男子网坛的统治地位，历经三盘抢7争夺，以总比分7-6(5)/7-6(4)/7-6(6)打败克罗地亚名将柳比西奇，连续两年包揽背靠背的北美硬地大师赛冠军，创造又一项纪录。

　　德国哈雷6月18日，总奖金为80万美元的德国哈雷公开赛决赛结束，头号种子费德勒耗时1小时35分钟以6-0/6-7(5)/6-2再次鏖战三盘击捷克选手伯蒂奇获得冠军。此役获胜后，费德勒已经在草地上创造了41连胜的佳绩，这一成绩刚好追平瑞典名将比约-博格41连胜的最好战绩。

　　英国伦敦时间7月9日，2006温布尔登公开赛进入到最后一天，在最引人关注的男单决赛中，头号种子费德勒经过四盘大战，以6-0/7-6(5)/6-7(2)/6-3艰难击败2号种子纳达尔，成为继比约-博格和桑普拉斯之后第三位能在温网创造4连冠霸业的选手，也将自己在草地上的连胜记录扩大到48场。费德勒也结束了迪拜、蒙特卡洛、罗马、法网罗兰加洛斯对纳达尔的4连败。

　　加拿大多伦多8月13日，总奖金额为245万美元的多伦多大师赛(又名罗杰斯杯)决赛如期举行，头号种子费德勒耗时1小时47分钟，以2-6/6-3/6-2逆转击败了法国天才少年加斯奎特，捧起本赛季第七个男单冠军头衔。

　　美国纽约9月10日，2006美网公开赛决赛，头号种子费德勒经2小时27分钟的苦战，以6-2/4-6/7-5/6-1四盘艰难击败了9号种子罗迪克，职业生涯第11次击败对手，也成就了在美网辉煌的三连冠。同时，这也是他连续三年包揽温网和美网的冠军，这是史无前例的辉煌一刻。

　　日本东京10月8日，在AIG日本公开赛男单的决赛中，头号种子、“瑞士球王”费德勒以6-3/6-3的比分击败英国老将亨曼，夺取了其在美网之后参加的首个赛事的冠军。

　　西班牙马德里10月22日，2006ATP大师系列赛马德里站男单决赛如期上演，头号种子费德勒以7-5/6-1/6-0，职业生涯连续第八次击败智利火炮冈萨雷斯，也捧起了本赛季第10座冠军奖杯，这是费德勒的第12个大师赛冠军，费德勒成为公开赛时代以来首位连续三年至少10个巡回赛冠军的男子球员，也成为继伊万-伦德尔之后首位连续两个赛季的获胜场次都超过80场的选手。

　　瑞士巴塞尔10月29日，总奖金为100万美元的瑞士巴塞尔室内网球赛决赛结束，世界头号种子费德勒在家乡5盘3胜的比赛中以6-3/6-2/7-6(3)击败智利人冈萨雷斯夺得本赛季第11个冠军，十几年前费德勒曾是该项赛事的球童。

　　11月19日，2006年上海网球大师杯走到了最后的王位战。一个是早已称霸天下的瑞士球王费德勒，一个是大器晚成潜力无限的“小阿加西”布雷克。最终费德勒以6-0/6-3/6-4横扫布雷克获得冠军，这也是费德勒第1次在上海获得大师杯总决赛冠军。此前费德勒2003年和2004年在休斯顿两次获得大师杯冠军。

　　另外，费德勒还分别在迪拜室内硬地、蒙特卡洛红土、罗马大师赛红土、法网红土决赛不敌纳达尔获得亚军，在辛辛那提大师赛0-2不敌英国小将穆雷止步第2轮，费德勒的2006年以12个冠军其中包含3个大满贯、4个大师系列赛冠军、一个大师杯总冠军和4个亚军、总战绩92胜5负画上句号。